Zavod sv. Stanislava je bil po osamosvojitvi Slovenije vrnjen ljubljanski nadškofiji, ki je bila prvotni lastnik. Ljubljanski nadškof metropolit Alojzij Šuštar je novembra 1992 na novo ustanovil Zavod sv. Stanislava za vzgojo in izobraževanje. V njegovem okviru so postopoma začele delovati gimnazija, dijaški dom, Slovenski dom, glasbena šola, študentski dom, osnovna šola in vrtec, je zapisano na zavodovi spletni strani.
Nekdanji dijaki Škofijske klasične gimnazije so pomembno zaznamovali slovenski cerkveni, kulturni, znanstveni in politični prostor, med njimi predsednik prvega slovenskega demokratično izvoljenega parlamenta France Bučar, prevajalec Janko Moder ter prevajalec in klasični filolog Kajetan Gantar.
Škofijska klasična gimnazija je znova začela delovati 31. avgusta 1993.
